1957年1月15日成立九三学社扬州直属小组，共有社员9人。5月，成立了由薛天游、李剑青、黄久征等组成的领导小组，下设3个基层小组，社员发展到40人。1959年9月20日召开全体社员会议，成立九三学社扬州市分社筹备委员会，朱白吾任主委，薛天游、李剑清任副主委。基层组织增加到4个。1966年因文革冲击，社组织被迫停止活动。1978年分社筹委会开始恢复活动，12月2日召开第一次社员大会，成立九三学社扬州分社，朱白吾任主委，李剑青、祁龙威、黄久征任副主委，设5个专门机构。1984年5月，九三学社扬州分社委员会改为九三学社扬州市委员会。2021年换届后，成立了九三学社扬州市第十届委员会，李建芳任主委，刘文、田志明、朱新开、闵凌峰任副主委。

截至2023年12月底，我市共设四个基层委员会，十六个基层支社，三个基层小组。共有成员687人，平均年龄57.1岁，其中，中高级职称592人，占总人数的86.2%。成员主要分布在我市各高校、医院、科研院所及政府机关。